以下は２ちゃんねるからの情報についての私の理解です。一応成功してますが、毎度ながら自己責任でお願いします。
SummerBoard
まずInstallerから入れたままだとDockが上に表示されるという問題。
SummerBoard for iPhoneからSummerBoard 1.1.1をダウンロード。INSTALLの中身の
Copy the files to your iPhone as follows:
SummerBoard.framework -> /Library/Frameworks/SummerBoard.framework
SMBPrefs.app -> /Applications/SMBPrefs.app
Themes -> /var/root/Library/SummerBoard/Themes
com.apple.SpringBoard.plist -> /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.SpringBoard.plist
Make sure that the plists permissions are as such:
-rw-r--r-- 1 root wheel 704 Oct 9 20:00 com.apple.SpringBoard.plist
Reboot iPhone, enjoy!
を参考にして、Cyberduckで上書き、再起動でDockは無事正常位置へ。Restart SpringBoard を押したときの待ち時間がそれまでより長くて少し焦った。
Customize
customize - Google Code
これはまだよく理解できてない。とりあえず配置換えはできるようになったけど。
まず理解として
/System/Library/CoreServices/SpringBoard.app/にあるN45AP.plistとM68AP.plistがアイコン配置関連のファイル。
M68がiPhone用でrSBT(Icon Order)はそちらを書き換える。
実際の作業としては、
CustomizeのrSBTで配置換え、M68が書き換えられる。
それをmacでM68から適宜M45に編集してtouchへupload。
その際に複雑なのがM68はXMLで書かれてるのだが、
速度的なメリットもありN45はバイナリで書かれているので、
上記N45ファイルをmacのDesktopへ置いて、ターミナルで
cd ~/Desktopとしてxmlへ。
plutil -convert xml1 N45AP.plist
（注）MacのInstall Disk内にあるProperty List Editorなどを使う方法もある。また試用期間でPlistEdit Proを使う方法も。その際はバイナリのまま作業できる。
あとはN45へM68の情報を移動。２ちゃんねる情報より、
編集後、同じくターミナルで
plutil -convert binary1 N45AP.plistとしバイナリへ戻す。その後touchへ戻す。
という作業で、一応成功してます。
ただiPhoneと違うので、
ミュージックは com.apple.mobileipod-AudioPlayer
ビデオは com.apple.mobileipod-VideoPlayer
などにする必要があります。
＊ ＊ ＊
間違いの指摘やアドバイスをお待ちしてます。
少しでも誰かの参考になればいいんだけど。